黑木耳泡12小時不建議吃，長時間浸泡使微生物滋生，可能產生耐熱毒素如米酵菌酸，會損害器官且營養成分流失、變質，若浸泡環境差、木耳本身有問題會更嚴重。
正常情況下黑木耳在水中浸泡會吸水膨脹，一般泡發時間在3-4小時左右就可以達到食用狀態。當浸泡時間長達12小時，在適宜的溫度下水中的微生物會大量繁殖，如細菌、霉菌等會在木耳表面以及浸泡水中迅速滋生，這些微生物會分解木耳的營養成分，同時可能產生一些有害的代謝產物。長時間浸泡的黑木耳可能會產生毒素，如在一定條件下可能會產生米酵菌酸，這是一種非常危險的毒素，其耐熱性很強，普通的烹飪方式無法將其破壞。一旦人體攝入這種毒素，會對肝臟、腎臟等重要器官造成嚴重的損害，甚至危及生命。從黑木耳的營養成分方面分析，長時間浸泡后，原本木耳中含有的膳食纖維、維生素等營養物質可能會因為微生物的作用而流失或者被破壞，導致其營養價值降低。如果浸泡黑木耳的水不干凈或者容器本身有細菌殘留，那么會加速黑木耳的變質過程。或者黑木耳在泡發前本身就存在質量問題，如帶有雜質或者已經有輕微霉變，那么長時間浸泡后這些問題會更加嚴重。浸泡黑木耳應用干凈的水和容器，浸泡時間不要過長，一般3-4小時為宜。若發現木耳有異味、軟爛等異常不要食用，購買時選擇質量好的黑木耳，泡發后應盡快食用或冷藏保存。