如果木耳泡發的時間超過8小時，則可能有毒，尤其當夏天氣溫較高的時候，木耳用水浸泡超過8小時容易滋生椰毒假單胞菌。
木耳中含有一定的碳水化合物、蛋白質以及脂肪，可給椰毒假單胞菌的生長和繁殖提供充分的養料，在生長繁殖的過程中，可產生米酵菌酸和一些毒性蛋白質。如果木耳的浸泡時間超過8小時，產生的米酵菌酸毒素和毒性蛋白質的量較大。若食用較少，則可能不會出現或僅出現輕微不良反應，如輕微的惡心、腹瀉。這時無需擔心，停止進食，過一段時間上述癥狀可自行消失。但若食用較多，則可能引起食物中毒，出現腹瀉、惡心、嘔吐、頭暈等癥狀。
除此之外，如果木耳沒有炒熟，這些毒性蛋白質未發生變性，食用后也可能導致中毒。如果不小心食用了泡發較久的木耳，身體出現一些明顯的不適，建議立即到醫院予以洗胃、催吐治療。購買木耳時建議買干木耳，通常用冷水泡1-2個小時即可，避免泡一整夜和一次性泡過多。泡發的木耳如果未及時食用，可瀝干水分，裝入保鮮袋中，放入冰箱冷藏，通常可放2-3天。