臨床中目前沒有因為食用轉基因菜籽油而引起病變的案例，而且市面上售賣的轉基因菜籽油基本符合國家生產標準和衛生標準。因此，少量食用轉基因菜籽油對人體不會有太大的問題，并不會造成明顯的身體損害。
非轉基因菜籽油與轉基因菜籽油的區別，在于使用的原料不同，非轉基因菜籽油使用的原料基本純天然，營養成分也比較齊全，含有人體需要的不飽和脂肪酸，營養價值也比較高。而轉基因菜籽油是從轉基因作物中提取，含有轉基因物質，適量被人體食用后一般不會有影響。但不論轉基因還是非轉基因菜籽油，均不建議過多進食，食用過量可能會導致體內脂肪囤積，增加肥胖的可能性。并且建議選擇正規的品牌購買，保證食用油的品質，盡量減少食用劣質油對人體的損害。