適量喝苜蓿酵素一般沒有明顯的危害，長期大量喝可能會導致胃腸不適。
苜蓿歸脾、胃、腎經，有一定的藥理價值，對腸管有松弛作用，可使腸管蠕動加快，具有清脾胃、清濕熱、利尿、消腫的功效。酵素通常是指人體內的生物酶，起著比較重要的代謝作用。苜蓿酵素屬于一款保健產品，一定程度上可以起到清除腸管內廢物的作用，對減肥有輔助作用，平時適量喝苜蓿酵素一般不會明顯損害身體健康，但是長期大量喝可能會導致過敏，出現皮疹、瘙癢、出汗、腹痛等不良反應，大量的酵素進入腸管后，還可能會影響腸道菌群的平衡，誘發胃腸不適，引起腹脹、反酸、惡心、腹瀉等不適癥狀。
平時要避免長期大量喝苜蓿酵素，建議通過飲食管理、增加運動的方式科學減肥。