減肥是飲食、運動以及生活方式干預的全過程，僅通過食用南瓜酵素并無法達到明顯的減肥目的。如果想要減肥，具體還需配合進行飲食控制、適當鍛煉，從而達到瘦身的目的。
南瓜酵素即使用新鮮的南瓜為原料，經過榨汁或萃取等一系列工藝后，再添加乳酸菌、酵母菌等發酵菌株進行發酵所產生的含有糖類、有機酸、礦物質、維生素及酶類物質的混合發酵液。酵素本身為生物催化劑，具有促進機體新陳代謝的功能，但無法完全消耗脂肪，如果只是單純食用南瓜酵素，并不能達到明顯的減肥效果。
不過由于南瓜酵素的熱量較低，并且含有豐富的膳食纖維，能夠刺激胃腸道蠕動，增加消化道對食物的消化與吸收，促進大便的排出。因此南瓜酵素可以用來輔助減肥，但同時還需要增加運動量，同時控制日常飲食，才可能達到減肥的目的。此外特殊人群如孕婦、老人、兒童等不建議食用酵素，可能會增加胃腸道負擔，出現消化不良的表現。