睡一覺起來一只眼球疼可能是由于結膜炎、角膜炎所導致，也可能是由于青光眼等因素所引起，建議及時就醫，在醫生指導下明確診斷，進行針對性治療。
1、結膜炎：指由于外界刺激或病原微生物感染引起的眼球結膜的急慢性炎癥，由于炎癥刺激結膜充血，進而造成睡一覺起來一只眼球疼的現象，同時伴有眼睛紅腫、分泌物增多等不適癥狀，可遵醫囑通過使用氯霉素滴眼液、氧氟沙星滴眼液等藥物進行治療；
2、角膜炎：可能是因為患者眼部受過外傷，加上不注意手部清潔，導致細菌侵入引發炎癥，造成角膜緣血管網充血以及角膜組織結構破壞，進而出現睡一覺起來一只眼球疼的現象，同時伴有眼睛怕光、流淚等不適癥狀，可遵醫囑通過使用鹽酸洛美沙星滴眼液、紅霉素眼膏等藥物進行治療；
3、青光眼：是一組以視乳頭萎縮及凹陷、視野缺損及視力下降為共同特征的疾病，可能是由于情緒波動較大，引發青光眼急性發作，導致眼球內壓力升高，超過眼睛視神經所能承受的最高限度，出現睡一覺起來一只眼球疼的現象，同時伴有眼部干澀、疲勞不適等癥狀，可遵醫囑通過使用鹽酸卡替洛爾滴眼液、他氟前列素滴眼液等藥物緩解癥狀。
建議出現睡一覺起來一只眼球疼的患者，平時多做眼保健操，多按摩眼部，眺望遠方，避免用眼過度，保證充足的睡眠。同時注意清淡飲食，營養均衡，多吃新鮮蔬菜、水果。