陰莖根部小疙瘩不痛不癢，摸著發硬有顆粒感可能是皮脂腺異位、毛囊炎、尖銳濕疣、梅毒硬下疳、軟下疳等因素所致，建議患者及時前往正規醫院就診檢查，在醫生的指導下選擇日常護理、藥物治療的方式進行處理。
1、皮脂腺異位：皮脂腺異位是由于皮脂腺生理變異而發生在唇部、口腔黏膜及外生殖器部位的一種疾病。可能是局部皮脂腺發育異常所致。一般表現為無明顯癥狀的淡黃色或白色小丘疹，通常不會引起疼痛或瘙癢。患者可能會感覺局部皮膚略有粗糙感。通常無需特殊治療，患者保持局部清潔衛生即可。
2、毛囊炎：毛囊炎主要是由細菌感染毛囊引起，如金黃色葡萄球菌等，患者會出現以毛囊為中心的紅色丘疹，可伴有疼痛或瘙癢，也可能不痛不癢。在陰莖根部的毛囊炎若癥狀較輕可能僅有小疙瘩，摸著發硬。患者可以在醫生的指導下使用莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏、復方多黏菌素B軟膏等藥物進行抗感染治療。
3、尖銳濕疣：尖銳濕疣是由人乳頭瘤病毒（HPV）感染引起的性傳播疾病，主要通過性接觸傳播。病毒感染后，在生殖器部位出現疣狀贅生物，初期可能不痛不癢，質地較硬，可能同時伴有局部異物感、分泌物增多等癥狀。患者可以在醫生的指導下使用鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶軟膏等藥物進行治療。
4、梅毒硬下疳：梅毒硬下疳是由梅毒螺旋體感染引起的一期梅毒的典型癥狀，通常是在不潔性行為后，梅毒螺旋體侵入人體引起。硬下疳表現為單個無痛性潰瘍，基底較硬，可伴有局部淋巴結腫大。在陰莖根部出現硬下疳時，可能初期表現為小疙瘩，不痛不癢。患者需要在醫生的指導下使用芐星青霉素、普魯卡因青霉素等藥物進行治療。
5、軟下疳：軟下疳是由杜克雷嗜血桿菌感染引起的性傳播疾病，主要通過性接觸傳播。感染后在生殖器部位出現疼痛性潰瘍，但在早期可能表現為小疙瘩，不痛不癢，逐漸發展會出現潰瘍和疼痛。患者可能伴有腹股溝淋巴結腫大等癥狀。患者可以在醫生的指導下使用阿奇霉素片、鹽酸環丙沙星片、紅霉素片等藥物進行治療。
此外，患者應避免不潔性行為，保持生殖器部位清潔，穿著寬松透氣的內褲。同時，飲食上應避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重病情。