臨床不認為食物之間有“相克”的說法，羊肚菌沒有臨床醫學明確認為不能一起吃的食物，通常大多數食物都可以互相搭配食用，注意適量即可。吃羊肚菌時不要吃太多，否則容易引起消化不良。
羊肚菌含有蛋白質、氨基酸、膳食纖維素等營養物質，屬于一種高營養的菌類食物，適量進食可以為人體補充營養，跟其他食物也是可以同時吃的。羊肚菌可以和雞肉、豬肉、牛肉等葷類食物一起食用，味道比較鮮美。也可以和白菜、花菜等素菜搭配食用，還可以跟蘋果、圣女果等水果一起吃。羊肚菌與這些食物同食，通常不會出現不良反應，也不會給自身健康帶來傷害，不需要過于擔心。
但是，建議不要一次性進食過多羊肚菌。羊肚菌含有豐富的膳食纖維和多糖，過量食用羊肚菌時，有可能會增加胃腸道負擔，從而引起消化不良，可能會導致部分人群出現腹脹、腹痛，還可能引起便秘。