眼藥水本身是無毒的，但在使用時應遵循醫生的建議，每天使用的次數和時間不能超過醫生的要求，不能自行改變劑量或長期使用。
眼藥水通常是針對眼部疾病或癥狀進行配方的，其成分在正常使用下通常不會對人體產生危害。如果沒有眼部疾病，濫用眼藥水或使用不合格的眼藥水，可能會對眼睛造成一定的傷害。
此外，大多數眼藥水都含有防腐劑，如苯扎氯銨，長期使用可能會對角膜上皮細胞和結膜組織產生刺激和損傷作用，引起結膜充血，甚至角膜上皮細胞脫落。
長期滴用廣譜抗生素眼藥水，如鹽酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等，還可能引起眼睛結膜囊菌群失調，造成真菌感染等繼發性疾病。
需要注意，眼藥水開蓋后應盡快使用，長期放置在溫暖的地方或者蓋子擰得不夠緊可能會導致水分揮發，使眼藥水的濃度增加，影響治療效果。平時注意避免用手揉眼睛，以免引入細菌或病毒。
在日常生活中，注意避免長時間連續用眼，每隔一段時間就休息一下，閉上眼睛或看看遠處。同時，應該定期進行眼部檢查，以便及時發現并治療問題。