黃金亞麻籽屬于亞麻籽，是亞麻成熟的種子，一般情況下，健康人群適量或少量食用不會造成過多副作用。但對于特殊人群而言，可能存在一定的副作用，如胃腸道功能不好的人群、過敏人群。
1、胃腸道功能不好的人群：由于黃金亞麻籽中含有較多的油脂，故胃腸道功能不好的人群進食較多，可能會刺激胃腸道，出現惡心、嘔吐等不適癥狀。此外，黃金亞麻籽還含有較豐富的膳食纖維，大量食用可能會加重胃腸道功能不好的人群腹脹、腹痛等不適；
2、過敏人群：若自身對黃金亞麻籽過敏，則需避免食用，以免誘發或加重過敏癥狀，導致皮疹、發熱、乏力，甚至是呼吸困難等癥狀。
黃金亞麻籽中含有蛋白質、葉酸、鉀元素等營養成分，一般人群適當進食可以補充人體所需要的營養元素。但也不要過量吃黃金亞麻籽，以免加重人體胃腸道的負擔，不利于消化以及吸收，還容易引起腹瀉等疾病。若黃金亞麻籽已經變質，此類情況下也需避免食用，以免進食后刺激胃腸道，引發惡心、嘔吐等不適癥狀。