寶寶反復燒到39℃，可能與體溫調節中樞不完善、治療不及時、不當用藥有關，也可能是存在環境因素、交叉感染等情況。家長需要及時帶寶寶到醫院就診，遵循醫生建議使用非甾體類抗炎藥、抗生素等藥物治療。
1、體溫調節中樞不完善：如果寶寶年齡較小，還處于身體發育階段，體溫調節中樞功能還沒有發育完善，可能會反復發熱，甚至高達39℃。日常需要注意保持室內溫濕度適宜，選擇薄厚適宜的衣物。
2、治療不及時：寶寶發熱的常見原因有感染性疾病、非感染性疾病，如果發病后沒有及時采取干預措施，如不及時降溫、沒有有效控制病因等，可能導致疾病遷延不愈，致使體溫持續不降或繼續升高。此時應當遵醫囑用布洛芬顆粒、對乙酰氨基酚顆粒等藥物降低體溫。
3、不當用藥：如果退熱藥物劑量不足、療程不夠，也無法有效控制發熱，可能會反復發熱。應當嚴格遵醫生建議應用藥物，家長不可自行調整藥物劑量、療程等。
4、環境因素：與環境溫度變化有關，再加上寶寶體溫調節功能較差，就容易長期發熱，伴隨口渴、多尿等情況。日常可借助空調、風扇等調節室溫，但不宜過度貪涼。
5、交叉感染：如果寶寶患病期間沒有做好護理，出現交叉感染，可增加治療難度，使得體溫持續不降或反復升高。此時應當完善藥敏試驗、細菌培養等，確診后遵循醫生建議使用阿莫西林顆粒、磷酸奧司他韋顆粒等藥物縮短病程。
此外，還可能是寶寶存在血液系統、免疫系統等的病變，建議完善血常規、CT等檢查，積極配合醫生治療，并定期到醫院復查，根據病情變化合理調整治療方案。