通常來說，急性扁桃體炎反復燒到39度可能是病情加重導致的，也可能是并發其他疾病導致的，如風寒感冒、肺炎等有關。具體分析如下：
急性扁桃體炎多數是感染了金黃色葡萄球菌或是鏈球菌等原因導致，容易使扁桃體出現發紅、腫脹、疼痛等癥狀，當病情較嚴重時，還會導致身體的免疫力下降，從而出現反復燒到39度的情況，建議患者在醫生的指導下使用注射用青霉素鈉、注射用青霉素鉀、復方硼砂含漱液等藥物進行治療。但是，急性扁桃體炎反復燒到39度也可能是免疫力降低，并發其他疾病導致的，如風寒感冒、肺炎等，建議患者在醫生的指導下使用藥物治療，風寒感冒的常用藥物有風寒感冒顆粒、荊防顆粒、外感風寒顆粒等；肺炎的常用藥物有注射用厄他培南、利巴韋林片、阿昔洛韋片等。