若食管瘺病情相對較輕，有自行愈合的可能，但若病情嚴重，自行長好的可能性較低，此時需要選擇合適的方法進行治療。
如果食管瘺患者表現為偶爾的輕微不適，如輕度的吞咽不適感或少量的食物反流等，并且患者個人體質較好，身體的修復能力較強，在采取嚴格的禁飲禁食措施，給予充足的腸外營養支持，以減少對食管的刺激后，食管瘺有可能自行愈合。此時，身體的自我修復機制會發揮作用，逐漸修復受損的食管組織。
如果食管瘺患者出現明顯的吞咽困難、持續的疼痛、大量的食物或液體反流，甚至伴有食管破裂、嚴重的肺部感染、氣胸、胸腔積液等并發癥，或者患者個人體質較差，如患有其他嚴重的基礎疾病、免疫力低下等，通常難以自行長好。
這種情況下，需要在醫生的指導下進行綜合治療，包括遵醫囑使用阿莫西林膠囊、甲硝唑片、克拉霉素片等藥物進行抗感染治療，以控制感染，防止病情進一步惡化，必要時可能需要進行手術修復縫合瘺口，才有可能改善食管瘺的情況。
在治療期間，應保持飲食清淡、易消化，避免對食管造成進一步刺激，要注意監測電解質的變化情況，維持身體的水電解質平衡，若病情持續不緩解或出現加重跡象，應及時就醫，采取積極有效的治療措施。