早上醒來吸一根煙的危害有咽喉不適、損傷大腦、增加患癌風險等。具體情況分析如下：
1.咽喉不適：早上醒來，身體經過長時間的睡眠，體內的水分消耗比較大，容易出現喉嚨干癢、缺水等癥狀，吸煙可能會加重咽喉不適，導致患者出現咽喉腫痛、咳嗽、痰多、干嘔等癥狀。
2.損傷大腦：早上醒來，身體處于缺氧的狀態，吸一根煙，可能會降低血液當中的氧氣的含量，導致腦供血不足或者腦血管堵塞，從而損傷大腦，導致大腦皮層變薄。
3.增加患癌風險：早上醒來，肺部的血液循環還不夠通暢，香煙的毒素和雜質被肺部吸入，短時間很難排出，從而堆積在人體內產生造成更多的肺部損傷，患肺癌的風險也會隨之增加。