三個月寶寶頭頂凹進去可能是正常現象，也可能是缺水、缺鈣、先天性發育畸形、外傷導致的，具體可前往醫院就診檢查，明確病因后進行針對性治療。
1、正常現象：寶寶頭顱是由多塊顱骨拼接形成，三個月時顱骨尚未發育完全，在頭頂會留有未閉合的囟門，出現頭頂凹進去的表現，屬于正常的生理現象，隨著月齡的增長，癥狀會逐漸消失。
2、缺水：若寶寶存在腹瀉等導致體內嚴重缺水，大腦內的腦脊液變少，腦內壓力降低，會出現囟門凹陷的情況，家長應及時給寶寶補充水分，還可遵醫囑應用蒙脫石散等藥物止瀉。
3、缺鈣：若寶寶缺鈣，導致骨骼發育受到影響，其骨縫比較明顯，會出現頭頂凹進去的表現。此時可遵從醫囑用葡萄糖酸鈣口服溶液或者維生素D滴劑等藥物來進行補鈣。
4、先天性發育畸形：在胚胎時期，寶寶頭部發育畸形，可能會導致頭頂凹進去，家長可以在醫生指導下給寶寶使用甲鈷胺片、維生素B12片等營養神經的藥物進行治療。
5、外傷：寶寶受到外傷導致顱骨骨折，可能會造成顱骨不完整，出現頭頂凹進去的情況，此時應注意避免寶寶運動，并及時送寶寶就醫。
寶寶的囟門并未完全閉合時，家長應避免用力撫摸、按壓局部，同時要注意給寶寶做好頭部保暖，避免著涼，還應注意寶寶清潔衛生，及時更換尿布等。