減肥期間可以在醫生或營養師指導下適量食用代餐奶昔輔助減肥，一般對人體無害。但如果長期食用代餐奶昔減肥，由于食物比較單一，同時在減肥期間對于肉類、蔬菜、水果、粗糧類食物攝入過少，長期食用可能會導致營養物質缺乏。比如礦物質、維生素、膳食纖維等，從而出現機體營養不良、反應遲鈍、脫發、月經失調、容易疲勞等危害。
飲用代餐奶昔減肥雖然見效快，但由于機體營養不足造成基礎代謝率較低。一旦減肥停止并恢復正常飲食后，體重較容易反彈，對于身體健康較為不利。
建議通過健康的方式減肥，做到膳食均衡、適量運動、規律生活作息。飲食上注意多食用谷物、新鮮的水果及蔬菜，比如糙米、蘋果、生菜，同時注意攝入優質的蛋白質，比如牛奶、雞蛋、魚肉。生活上應控糖限酒，規律作息、避免熬夜、多飲水，同時配合適量的有氧運動，比如跳繩、慢跑、游泳等，可以達到更好的減肥效果。