植物乳桿菌的副作用主要為停止使用后可能會引起不適癥狀。植物乳桿菌是乳酸菌的一種，對人體胃腸道不適有一定的改善作用。
植物乳桿菌是一類革蘭氏陽性的乳桿菌，在自然界中廣泛存在，通常是從植物中分離得到。植物乳桿菌對腸道微生物的生存環境有積極的影響，可定植于腸道中發揮有益作用，如可以產生大量酸，從而抑制腸道有害細菌的定植與繁殖，促進有益腸道菌的繁殖，可以調節腸道的菌群平衡，保持腸道菌群的穩定，對改善腸道菌群紊亂引起的便秘、腹瀉等不適癥狀，也有一定的幫助。但長期使用植物乳桿菌容易致使身體本身的原本菌群失去活性，當停止使用植物乳桿菌時，胃腸道內的有益菌含量不足，就會出現消化不良、胃腸道功能紊亂。
植物乳桿菌與人類的生活關系緊密，其在食品發酵、工業乳酸發酵以及醫療保健等領域都有著廣泛的應用，常存在于發酵的蔬菜和果汁中，若出現腹部不適癥狀，可適當進食。但食物的作用比較有限，建議不適癥狀較重時還應及時就診，在醫生指導下使用藥物進行治療，如乳酸菌素片等，以改善不適癥狀。