通常情況下腸溶片不可嚼服，復方嗜酸乳桿菌片雖然不是腸溶片，但其中含有大量益生菌，也需要到達腸道發揮調節作用，因此服用復方嗜酸乳桿菌片時不建議嚼碎了吃。
復方嗜酸乳桿菌片可通過調節腸道菌群達到治療作用，如果嚼服，其內大量活性的益生菌可受胃酸影響，使得藥物療效減半，所以有能力吞服的人群盡量吞服，且以40℃以下的溫水吞服為宜。應用復方嗜酸乳桿菌片時，亦需注意在餐后服用，胃內有食物可減少胃酸對益生菌的分解，有助于其發揮藥效。除此之外，不可與抗酸藥和抗菌藥合用，可減少其療效，不同藥物使用時需間隔3個小時以上。此外鉍劑、藥用炭片等，可抑制益生菌吸附，亦可減少其治療效果，不可合用。
復方嗜酸乳桿菌片適用于腸道菌群失調引起的腸道功能紊亂的治療。如果對復方嗜酸桿菌片的某種成分過敏，則不能使用，防止出現胃腸道過敏癥狀，加重腸道功能紊亂表現。