右側腰窩一陣一陣刺痛可能是生理性原因所致，也可能與病理性原因有關，例如腰肌勞損、急性腰扭傷、腰背肌筋膜炎等，需要明確具體原因后對癥治療。
一、生理性原因：如果進行了劇烈運動，使乳酸等代謝產物堆積在腰部，或者腰部沒有注意保暖，導致右側腰部受涼，或者是夜間睡眠姿勢不良，一個姿勢保持時間過長，此時由于肌肉緊張，可出現刺痛的情況。以上都屬于正常的生理現象，無需特殊處理，在適當休息、注意保暖后，通常會逐漸緩解。
二、病理性原因：1、腰肌勞損：是腰部肌肉及其附著點的筋膜、韌帶甚或骨膜的慢性損傷性炎癥，可使腰部肌肉充血、水腫，表現出腰部酸脹、疼痛癥狀。建議患者適當臥床休息，必要時佩戴腰托，適當配合腰部肌肉鍛煉。
2、急性腰扭傷：常有明確的腰部扭、閃和挫等外傷史，其特點傷后立刻出現腰或骶部劇烈疼痛，但有時次日才出現疼痛。主要表現為活動困難，腰部彎曲、活動或咳嗽、深呼吸動作疼痛加重。建議患者臥床休息，遵醫囑使用布洛芬片等藥物進行止痛治療。
3、腰背肌筋膜炎：主要是因疲勞、慢性勞損、外傷等外界因素刺激，引起腰背部的筋膜和肌組織產生無菌性的炎癥，如水腫、滲出和纖維性病變等，進而導致肌肉筋膜炎急性發作，主要表現為腰背部陣痛、僵硬以及運動障礙。
此外，如果出現帶狀皰疹、腰椎間盤突出癥、腰椎管狹窄、腎結石等情況，也可能導致右側腰窩出現一陣陣刺痛。建議及時就診于骨科，完善視診、X線等檢查，配合醫生積極進行治療。