用艾灸盒隔著套子艾灸有一定的效果，但和直接艾灸相比會有一些差異，建議及時就醫診治，謹遵醫囑。
隔著套子使用艾灸盒能夠提供一定的保護作用，對于皮膚比較敏感的人來說，套子可以緩沖艾灸的熱度，減少燙傷的風險。然而，從效果角度講，隔著套子艾灸可能會使艾灸的溫熱之力和藥力的滲透有所減弱。艾灸的作用原理主要是通過溫熱刺激穴位，讓艾草的藥力滲透肌膚，直達經絡。套子會在一定程度上阻礙熱量和藥力的傳遞。
但如果只是進行日常保健，這種減弱的效果可能不會對最終的保健作用產生太大的影響。如果是用于治療疾病，尤其是一些寒癥、瘀癥需要較強的溫熱刺激來改善氣血循環的情況下，直接艾灸可能會比隔著套子艾灸效果更好。