地衣芽孢桿菌活菌膠囊一般可以治療便秘，但通常只適用于腸道菌群失調引發的便秘，其他原因造成的便秘，可能起不到太大治療作用。
地衣芽孢桿菌活菌膠囊是一種用于調節腸道菌群平衡的藥物，此藥不僅可以對葡萄球菌、酵母菌等起到一定的拮抗作用，同時對體內的乳酸桿菌、雙歧桿菌等有益菌，能起到促進生長的作用，通過調整腸道內菌群的方式達到治療目的。
雖然地衣芽孢桿菌活菌膠囊主要是用于治療急、慢性腹瀉，但是對于腸道菌群失調導致的便秘，也有一定的治療效果。當腸道內有害菌大量生長，影響正常的腸蠕動，使得推動糞便無力而引起便秘時，通過服用此藥，可以維持腸道菌群平衡，使腸道功能恢復正常。
此外，對于其他原因造成的便秘，需要通過調整飲食、增加飲水量，或是遵醫囑口服麻仁潤腸丸、乳果糖口服溶液等改善便秘現象。如果是器質性便秘，還需要經過專科檢查后，針對具體的病因用藥治療。