喝完酒五六個小時后頭疼有可能是生理性原因引起的，也有可能是合并有偏頭痛、頸椎病等疾病引起的，需要針對不同原因采取不同的治療，具體分析如下：
1、生理性原因：人對于酒精的代謝速度，根據每個人體內相關酶的數量存在著明顯差異，如果一次性喝了過多的酒，就有可能出現頭疼癥狀，通常適當進行休息，多喝水，待酒精代謝掉后，癥狀就會消失，而如果飲酒過量，癥狀比較嚴重的，則需要考慮到醫院就診，通過使用鹽酸納洛酮、維生素B1、維生素B6等藥物進行輸液治療。
2、偏頭痛：該病可能與遺傳因素、內分泌代謝因素、環境因素、精神因素有關，一般是以女性患者較為多見，患者可表現為反復發作的搏動性劇烈頭疼，同時可能合并有頭暈、惡心、嘔吐、畏光等癥狀。需要在醫生指導下使用萘普生鈉、布洛芬、雙氯芬酸鈉等藥物進行治療。
3、頸椎病：是一種以頸椎退行性改變為基礎的疾病，如果椎動脈受到壓迫，就有可能影響腦部供血，從而引起頭暈、頭疼癥狀，患者通常需要在醫生指導下使用尼莫地平、維生素B1等藥物進行治療，也可以通過牽引治療緩解癥狀。
此外，還有可能是腦動脈硬化癥、腦梗死、腦出血、腦腫瘤等原因引起的，建議及時到醫院就診，明確診斷后及時進行治療。