適量吃苦瓜一般不會出現副作用，而且具有清熱解毒、增加食欲、增加免疫細胞活性以及輔助降血糖的功效，但一般建議煮熟后再進食。如果長期大量食用苦瓜，甚至是生苦瓜，則可能會出現腸胃不適、痛經，以及影響鈣的吸收，因此建議不要一次性大量食用苦瓜，也需避免長期食用。
1、腸胃不適：苦瓜屬于寒涼食物，食用過多容易導致脾胃虛弱或脾胃虛寒，可出現腹痛、腹瀉等癥狀，尤其對既往脾胃虛寒人群而言。另外，苦瓜味道較苦澀，容易刺激胃腸道，若長期大量食用可出現消化不良等癥狀；
2、痛經：女性食用大量寒涼性質的苦瓜，可能會造成宮寒。如果在生理期間食用，則可能會比較容易出現月經紊亂、痛經等；
3、影響鈣的吸收：苦瓜中富含草酸，可以與食物內的鈣形成難溶的草酸鈣結合物，從而影響身體對鈣的吸收。
由于苦瓜內含有類似胰島素樣物質可輔助降低血糖，因此不建議低血糖人群長期吃苦瓜。此外，孕婦若在妊娠期間時常食用苦瓜，可能會刺激宮縮，甚至流產，主要是因為苦瓜內含有奎寧，雖含量較少，但建議盡量不食用苦瓜。
