凌晨三點咳嗽，可能和非病理性因素有關，如天氣寒冷，也可能和病理性因素有關，如肺炎、氣管炎、肺結核、哮喘。如果癥狀持續存在，建議可到呼吸內科就診，在醫生的指導下選擇正確的治療方法改善病情。
一、非病理性因素：凌晨三點的時候由于天氣比較寒冷，如果沒有做好保暖措施，吸入冷空氣，冷空氣對呼吸道產生刺激后可引發痙攣，出現凌晨三點咳嗽的癥狀。對于此種情況，通常無需進行特殊治療，夜間睡覺時注意保暖，刺激減少后咳嗽會逐漸恢復。
二、病理性因素：1、肺炎：肺炎可能和病毒或是細菌感染有關，發生感染后損傷肺部組織，會導致炎癥的發生，可引起大多數患者夜間咳嗽加重，出現凌晨三點咳嗽的情況。對于肺炎需要先確定感染類型，如果是病毒感染引起，可遵醫囑使用抗病毒藥物進行治療，比如利巴韋林片等。如果是細菌感染導致，還需要遵醫囑使用抗生素藥物進行治療，比如阿莫西林膠囊、阿奇霉素片等；
2、氣管炎：氣管炎可能是感染、粉塵刺激、污染、抽煙等因素導致，發病后會造成患者氣管部位產生炎癥，受炎癥對氣道產生刺激影響，患者可出現長期咳嗽，在晚上的時候氣管炎發作，就會出現此類癥狀。可在醫生的指導下使用抗生素藥物進行治療，比如阿莫西林膠囊、阿奇霉素顆粒等；
3、肺結核：肺結核主要是由于感染結核分枝桿菌引起的呼吸道傳染性疾病，大多數肺結核患者會在夜間以及凌晨產生咳嗽，出現凌晨三點咳嗽的情況，同時會伴有痰中帶血、盜汗、胸痛等癥狀。可遵醫囑予以利福平膠囊、異煙肼片等藥物治療，以緩解癥狀；
4、哮喘：受遺傳、粉塵刺激等因素影響，患者氣道會出現慢性炎癥，引起哮喘發作，如果在凌晨三點哮喘發作，受炎癥刺激影響可出現咳嗽，導致凌晨三點咳嗽。可遵醫囑使用糖皮質激素進行治療，常用的藥物有醋酸地塞米松片、氫化可的松片等。