生理期一般指月經期。月經期小腹疼，腰疼得厲害，但以前不疼，可能是腰部著涼、子宮寒冷、盆腔炎等原因引起的，需要根據實際情況處理。具體分析如下：
1、腰部著涼：如果天氣寒冷的時候患者不注意保暖或者經常穿露臍裝，導致腰部著涼，可能導致寒涼之氣刺激腰部和子宮，出現痛經和腰痛的情況，建議平時多休息，避免過度勞累，適當熱敷。
2、子宮寒冷：子宮寒冷是指子宮失于陽氣的溫煦導致的虛寒，主要有腰痛和腹部發涼、疼痛等癥狀，還可能導致經血結塊、減少，平時要注意保暖，適當使用暖宮貼，促進經血的流出。
3、盆腔炎：盆腔炎是指女性患者上生殖道器官及其周圍組織發生的炎癥，并常累及鄰近組織，所以主要有腹痛、腰痛、陰道分泌物增多等癥狀，在月經期間癥狀容易加重。建議患者遵醫囑服用克林霉素磷酸酯片、左氧氟沙星片等藥物治療，能夠發揮較好的抗感染作用。
除上述常見原因之外，還有其他相對常見的原因，比如急性胃腸炎、宮頸炎、子宮內膜炎、盆腔粘連、腸粘連等，要及時就醫檢查，對癥治療。