晨跑的危害并不是特別大。但是對于部分人群來說，晨跑可能會引起低血糖，還有可能引起一些呼吸系統疾病，甚至會誘發猝死。應該根據身體的實際狀況，以及結合晨跑的利弊之后再決定是否晨跑，尤其要注意掌握正確的晨跑方式，才能降低晨跑的危害。
1、低血糖：在空腹的狀態下晨跑，很有可能發生低血糖，尤其是糖尿病患者，因為身體內部的糖分經過一個晚上的睡眠以后會消耗得比較多。另外晨跑強度比較大或者是時間過長，也會導致身體內部的糖分消耗過多，從而引起低血糖。所以，建議糖尿病患者餐后1小時再運動；
2、呼吸系統疾病：早晨空氣中的有害物質濃度會比較高，因此如果在空氣質量不佳的環境中晨跑，很有可能通過呼吸的方式將更多有害物質吸入，對呼吸系統造成一些異樣的刺激和損害，從而誘發一些呼吸系統疾病；
3、誘發猝死：因為早晨的時候空氣中的氧氣濃度相對較低，有心臟基礎疾病的人群晨跑可能會導致心肌缺血缺氧的程度加重，進而引起心絞痛或者心肌梗死，嚴重時甚至可能會引起猝死。
因此選擇晨跑的人群，特別是有糖尿病、心臟病、呼吸系統疾病等慢性疾病者，首先要注意避免空腹晨跑，在晨跑之前應該注意補充少量的食物以及足量的水分；其次還要注意晨跑的強度，講究循序漸進的原則，不要超負荷晨跑，以免導致心臟負擔加重。另外還要注意晨跑的環境，如果當天屬于霧天，或者是晨跑環境的空氣質量比較差，都不適宜晨跑。