通常存在抗線粒體抗體M2弱陽性的情況時，提示患者可能存在原發性膽汁性肝硬化。另外，部分有慢性活動性肝炎的患者，以及部分乙肝表面抗原為陰性的肝炎或存在淋巴瘤的患者，也可能出現此現象。需要進一步檢查肝功能、乙肝五項、超聲、磁共振等檢查，才可明確其具體原因。
1、原發性膽汁性肝硬化：是一種病因不明，以肝內膽管炎癥為特征性損害，造成慢性膽汁淤積及肝硬化的慢性進展性疾患。此類患者通常會出現嗜睡、乏力，以及局部或全身瘙癢等癥狀。除會出現抗線粒體抗體M2呈陽性外，還會出現堿性磷酸酶升高。必要時需要進行超聲、磁共振等檢查，輔助評估膽管梗阻的部位，以及肝硬化的程度；
2、慢性活動性肝炎：是指病程超過半年，患者可出現厭食、惡心、腹脹等消化道癥狀，以及乏力、萎靡、失眠、肝區疼痛等癥狀，可伴有蜘蛛痣、肝掌、毛細血管擴張、肝病面容等體征。此類患者通常存在急性肝炎的病史，在進行檢查時，還會出現肝功能持續異常；
3、其他：部分乙肝表面抗原為陰性的肝炎患者，以及存在淋巴瘤的患者，也可能出現抗線粒體抗體M2弱陽性，但可能性較小。