早上起來腎疼，可能是腎盂腎炎、腎結石等疾病引起的，需要根據病因對癥治療，具體分析如下：
1.腎盂腎炎：早上起來腎疼可能是腎盂腎炎引起的，一般還會出現尿痛、尿急等不適癥狀。可以在醫生的指導下服用左氧氟沙星片、腎炎靈顆粒、頭孢呋辛酯片等藥物進行治療。
2.腎結石：早上起來腎疼，可能是腎結石移動的時候，尖銳部分刮擦到腎周圍組織引起的，有時還可能會伴有嘔吐、惡心、腹脹等不適的癥狀。可以在醫生的指導下服用腎石通顆粒、排石顆粒、金錢草顆粒等藥物進行治療，有利于促進腎結石的排出。如果服用藥物后沒有明顯的效果，就需要通過腎結石手術取出腎結石。