中藥跟褪黑素一起吃了頭疼可能是藥物不良反應、用藥劑量不當、過敏因素導致，需要及時停藥或調整藥物，必要時可在醫生指導下用藥治療。具體分析如下：
1、藥物不良反應：褪黑素可以起到抗氧化、改善睡眠的效果，能夠增加睡眠質量，延緩衰老，褪黑素服用過程可能會引起副作用，和中藥一起服用有可能會產生藥物不良反應，引起頭痛。應該及時停止服藥，先喝中藥治療疾病，中藥停止后再吃褪黑素。
2、用藥劑量不當：中藥跟褪黑素一起吃頭痛也可能是用藥劑量不當的原因，比如用藥過量或用藥太頻繁會導致中樞神經紊亂和受損，引起頭痛。應該在醫生指導下減輕藥物劑量。
3、過敏因素：中藥跟褪黑素一起吃了頭疼也可能是過敏因素，通常是對某種藥物成分出現了過敏反應，造成頭痛、頭暈、胸悶等癥狀。可遵醫囑口服氯雷他定片、鹽酸西替利嗪膠囊等藥物。
中藥跟褪黑素盡量不要同時服用，需要根據病情的輕重緩急適量用藥。