長期便秘會對身體產生較大的危害，主要危害表現在消化系統、內分泌系統，以及心血管系統。特別是有高血壓等基礎性疾病的患者，應積極預防和治療便秘。
1、消化系統：會導致消化功能紊亂，容易引起消化、吸收不良，出現胃脹、腹脹等臨床癥狀。還容易導致痔瘡、肛裂等相關疾病，主要是干硬的糞便在排出體外的時候，對肛門周圍的黏膜產生刺激、損傷而引起。對于嚴重便秘者，還有可能會誘發腸梗阻、腸道癌癥等疾病，特別是結腸癌，便秘為主要誘因之一；
2、內分泌系統：由于糞便在體內存在時間過長，產生異常發酵，就會引起較多毒素。這些毒素被人體吸收以后會加快衰老，還可能會出現痤瘡、皮膚色斑、黃褐斑等，還會對內分泌產生一定影響；
3、心血管系統：由于精神壓力比較大，排便時間比較長，用力過度，有可能會導致血壓升高。如果有高血壓，以及心腦血管病等基礎疾病，容易誘發腦出血等危害。較多人在排便時誘發心肌梗死，就是因為便秘時排便用力過大。