外生殖器畸形可能是以下原因導致的，具體分析如下：
1、先天性疾病：孕婦在孕期接觸農藥、有機溶劑、重金屬等化學物質、長期暴露于各種輻射、服用某種藥物、感染某種細菌、甚至是某些嗜好如桑拿、嗜好等，都會導致胎兒的先天畸形。
2、恥骨前脂肪沉積：大多數隱匿性陰莖病人均伴有肥大，尤其是恥骨前脂肪肥大，因其特殊的原因，導致其隱藏在恥骨前面的皮下脂肪中。
3、陰莖肉膜的發育不正常：形成陰莖肉膜的腹部Camper筋膜和Scarpa筋膜發育異常，導致陰莖的肉膜不能從陰莖的根部附著在陰莖的末端，從而導致陰莖的形狀變得更加隱蔽。