甲下外生骨疣的病因不明，可能與創傷、慢性感染等因素有關。本病多見于兒童和青年婦女，可由慢性刺激引起。
1.創傷：甲下外生骨疣主要原因為創傷，大多甲下外生骨疣患者曾有外傷史，主要是因為外傷看會導致纖維組織化生，繼而發生骨化。
2.慢性感染：甲下外生骨疣也可能是慢性感染引起的，長期的刺激如摩擦、擠壓、踩踏等引起慢性感染，可能導致甲下外生骨疣。。