一般情況下，小頜畸形綜合征的病因和發病機制尚未完全闡明，可能與宮內感染、外傷有關。
小頜畸形綜合征好發于免疫力較低、不注意防護的孕產婦生產的胎兒。一般認為在胚胎前4個月，母體營養不良或使用某些藥物、接觸放射線或某些毒素中毒可誘發畸形，引起該病，如果下頜骨的生發中心在顳下頜關節，當雙側顳下頜關節受到外傷，會造成生發中心破壞，進而導致下頜骨不發育，最后造成小頜畸形。