指甲凹凸不平有很多原因，較常見的有甲營養不良、甲銀屑病和甲癬等。
一、甲營養不良多見，為癥狀性診斷，不一定真有營養不良，可由甲床或全身系統發病所致，還可由于甲母質、或甲周圍皮膚濕疹等因素導致指甲無法很正常生長而凹凸不平；
二、多見銀屑病，稱為銀屑病甲，指銀屑病侵及甲板后，凹凸不平。醫學名詞稱頂針甲如制作服裝的頂針那樣凹凸；
三、甲癬多見，其表現多種多樣，還有一小部份可呈現凹凸不平。
，還可能與其他疾病有關，如雷諾病、心臟病、甲狀腺功能減退癥、指甲真菌感染、指甲外傷、肌肉和骨骼疾病等。