孕晚期側著睡兩側骨頭好疼可能是子宮增大壓迫、恥骨聯合分離、缺鈣、腰椎間盤突出癥、骶髂關節炎等因素所致，建議患者及時前往正規醫院就診檢查，在醫生的指導下選擇合適的處理方式。
1、子宮增大壓迫：隨著孕期進展，子宮不斷增大，對周圍組織產生壓迫。當孕婦側睡時，可能會加重對身體兩側骨頭的壓迫，從而引起疼痛，可能伴有下肢水腫、尿頻等癥狀。一般不需要特殊藥物治療，可以通過調整睡姿、使用孕婦枕等方式緩解。
2、恥骨聯合分離：孕期激素水平變化，使得恥骨聯合處的韌帶松弛，加上子宮增大的壓力，可能導致恥骨聯合分離。側睡時，恥骨聯合處的壓力分布改變，疼痛加劇，可能伴有行走困難、翻身疼痛等癥狀。患者可以在醫生的指導下使用骨盆矯正帶進行物理治療。若癥狀嚴重，可能需要在分娩后進行手術治療，如恥骨聯合切開復位內固定術等。
3、缺鈣：孕期胎兒生長發育需要大量的鈣，如果孕婦攝入不足，容易導致缺鈣。缺鈣會引起骨骼疼痛，在孕晚期側睡時可能感覺兩側骨頭疼痛更明顯，可能伴有小腿抽筋、牙齒松動等癥狀。患者可以在醫生的指導下服用碳酸鈣D3片、葡萄糖酸鈣口服溶液、乳酸鈣顆粒等藥物進行補鈣。
4、腰椎間盤突出癥：孕期體重增加、腹部隆起，身體重心改變，可能誘發腰椎間盤突出癥。側睡時，腰椎的受力情況發生變化，可能引起疼痛放射至兩側骨頭，可能伴有下肢麻木、疼痛等癥狀。一般以保守治療為主，如臥床休息、熱敷、按摩等。若癥狀嚴重，可能需要在分娩后進行手術治療，如腰椎間盤切除術等。
5、骶髂關節炎：孕期激素變化和身體負擔加重，可能引發骶髂關節炎。側睡時，骶髂關節的壓力增加，導致疼痛，可能伴有臀部疼痛、下腰部疼痛等癥狀。患者可以在醫生的指導下服用布洛芬緩釋膠囊、雙氯芬酸鈉緩釋片、美洛昔康片等藥物進行止痛治療。
孕晚期孕婦應注意保持正確的姿勢，避免長時間保持同一姿勢。飲食上，要保證營養均衡，多攝入富含鈣、蛋白質等營養物質的食物。同時，要適當進行運動，但要避免劇烈運動。