一般情況下，孩子半夜咳嗽，早上起床咳嗽，可能是感冒、支氣管炎、肺炎等原因造成的，建議及時就醫對癥用藥，具體分析如下：
1.感冒：該病一般是上呼吸道感染，主要是病菌感染，常會導致寶寶出現發熱、流汗、咳嗽、流涕等癥狀，還容易出現食欲減退、干嘔等癥狀，所以，孩子半夜咳嗽，早上起床咳嗽可能是感冒引起的。家長可在醫生指導下給孩子使用小兒氨酚黃那敏顆粒、小兒感冒顆粒、安兒寧顆粒等藥物進行治療。
2.支氣管炎：該病通常是指支氣管黏膜及其周圍組織出現的慢性非特異性炎癥，常會伴有咳嗽、氣喘、咳痰、咽喉不適等癥狀，所以，孩子半夜咳嗽，早上起床咳嗽可能是支氣管炎引起的。家長可在醫生指導下給孩子使用紅霉素腸溶片、阿奇霉素片、阿莫西林膠囊等藥物進行治療。
3.肺炎：該病通常是指終末氣道、肺泡和肺間質出現的炎癥性疾病，常會伴有呼吸急促、咳痰、意識障礙、嗜睡、咳嗽、胸痛等癥狀，所以，孩子半夜咳嗽，早上起床咳嗽可能是肺炎引起的。家長可在醫生指導下給孩子使用甘草酸二銨腸溶膠囊、多烯磷脂酰膽堿膠囊、茵梔黃顆粒等藥物進行治療。