指甲都是密密麻麻小坑可能是維生素缺乏癥、缺鈣、灰指甲、銀屑病等因素引起的，可以通過一般治療、藥物治療等方式進行處理。
1、維生素缺乏癥：維生素缺乏癥是因動物機體維生素攝入不足或吸收障礙等所致的一類營養性疾病，可能會出現睡眠不足、精神狀態不佳等不適癥狀。該病癥可能會影響指甲合成生長，進而出現局部小坑、橫紋等癥狀。建議患者按醫囑服用復合維生素片、維生素AD膠丸等補充維生素的藥物進行治療。
2、缺鈣：缺鈣是指機體鈣元素缺乏，可能會出現腿軟抽筋、失眠等不適癥狀。如果患者出現缺鈣的情況，可能會導致患者的指甲變薄，同時比較容易破碎，長此以往就會形成小坑。建議患者按醫囑服用碳酸鈣片、乳酸鈣片等補鈣藥物進行治療。
3、灰指甲：灰指甲是指皮癬菌侵犯甲板或甲下所引起的疾病，典型癥狀便是病甲渾濁、增厚、表面凹凸不平等。建議患者按醫囑服用伊曲康唑膠囊、氟康唑膠囊等抗真菌藥物進行治療；如果癥狀嚴重，則需要拔除病甲。
4、銀屑病：銀屑病是一種慢性炎癥性皮膚病，典型癥狀是紅斑、鱗屑等。該病癥可能會侵蝕正常指甲，進而出現指甲小坑的情況。建議患者按醫囑外用克霉唑乳膏、地蒽酚軟膏等藥物進行治療，可以有效改善癥狀。
如果出現上述病癥，建議患者及時前往醫院就診，通過微量元素檢查、真菌檢查等方式確診病因，然后對癥治療。