通常來說，戊二醛對人體危害大，戊二醛有毒，會對人體健康造成影響。
戊二醛是一種廣譜、高效的消毒劑，可以殺滅微生物，可用于不耐熱的醫療器械的滅菌，同時戊二醛有一定的毒性，可能會導致接觸者出現支氣管炎及肺水腫。而且戊二醛還可能會對局部皮膚黏膜產生刺激，從而可能會引發接觸性皮炎、哮喘、鼻出血、鼻炎等。如果大量誤服戊二醛，可能會出現腎臟功能衰竭和心律失常等情況。綜上所述，戊二醛一般對人體危害大。
需要注意的是，若需要使用戊二醛，應帶上防護手套、圍裙、面罩及護目鏡等防護用具。