戊二醛對人體的危害包括刺激皮膚黏膜、損害呼吸道或眼睛等，其本身是一種含有特殊刺激性氣味的物質，如患者在使用后感到惡心、皮膚紅疹或眼部疼痛等，及時到醫院就診檢查，以免延誤病情。
1、刺激皮膚黏膜：高濃度的戊二醛可能會對機體的皮膚產生一些不良的反應，尤其對于體質敏感的人群，可能會發生皮疹、瘙癢，如果皮膚直接接觸到戊二醛，還可能出現水皰、局部疼痛或接觸性皮炎；長期接觸戊二醛還可能引起過敏性濕疹；
2、損害呼吸道：若在使用時吸入高濃度的戊二醛，會感到咽喉部不適、咳嗽、氣促、鼻出血等現象。若由于工作性原因長期與戊二醛進行接觸且操作不當時，可能會誘發鼻炎、吸入性肺炎、哮喘等職業病危害；
3、損害眼睛：眼睛較其他器官較為敏感，當防護不當時更容易出現不自覺流淚、眼部刺痛、腫脹等不良反應。若是在使用過程中不慎被戊二醛的液體滴濺到眼睛內，甚至會導致眼部灼傷、視物不清等較為嚴重的眼部損害，應及時到醫院進行救治；
4、其他：戊二醛為外用的一種消毒劑，不可口服，若誤食后還可能會出現惡心、嘔吐、消化道或口腔黏膜受損等較為嚴重的損害，需要到醫院及時進行止痛、抗休克、中和消毒劑等治療。
因此，在使用該物質的過程中應佩戴好口罩、護目鏡、手套等防護用品。且在使用時盡量在通風良好的位置，防止味道刺激性過大而對機體造成不良的反應。