陰莖皮里面有小疙瘩可能是珍珠狀陰莖丘疹、尖銳濕疣、皮脂腺異位癥、毛囊炎、陰莖硬結癥等所致，建議及時就醫診治。
1、珍珠狀陰莖丘疹：病因不明，可能與局部刺激、生理發育變異等有關。主要發生在陰莖冠狀溝邊緣和冠狀溝，也可在陰莖包皮內，表現為白色、黃色或淡紅色的丘疹，呈珍珠狀，不融合。一般不需要特殊治療，注意保持局部清潔衛生，避免過度刺激。
2、尖銳濕疣：由人乳頭瘤病毒（HPV）感染引起，通過性接觸傳播。病毒在陰莖皮膚黏膜處繁殖，導致上皮細胞增生，形成乳頭樣、菜花樣的疣體，初期可為小疙瘩，可逐漸增大、增多。可外用鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏，也可通過冷凍、激光、電灼等物理方法去除疣體，同時可使用干擾素提高機體免疫力。
3、皮脂腺異位癥：是皮脂腺發育的生理性變異和皮脂腺增生所致。多在青春期后發病，陰莖包皮、龜頭等部位出現無明顯隆起的粟粒大小扁平丘疹，群集分布。一般不需要治療，若患者有治療需求，可通過激光、電灼等方法去除。
4、毛囊炎：陰莖皮膚的毛囊受到細菌（如金黃色葡萄球菌）感染，引發炎癥。局部出現以毛囊為中心的紅色丘疹，有時頂部有白色膿皰，有疼痛感。可外用莫匹羅星軟膏、夫西地酸乳膏、新霉素軟膏，癥狀嚴重時可口服阿莫西林、頭孢克洛、阿奇霉素。
5、陰莖硬結癥：可能與陰莖海綿體白膜損傷、炎癥、維生素E缺乏等有關。在陰莖海綿體白膜形成硬結，可伴有疼痛、陰莖彎曲等癥狀，在疾病早期可表現為陰莖皮內小疙瘩。可口服維生素E、秋水仙堿、他莫昔芬，也可局部注射糖皮質激素如曲安奈德。
陰莖皮內有小疙瘩可能是多種原因導致的，應及時就醫，不要自行盲目用藥，謹遵醫囑。