臨床并沒有嚴格規定哪些人不能吃西瓜子仁，但是一般建議胃腸功能較弱的人群，以及肥胖，患有某些基礎疾病的人群，應少吃西瓜子仁。
1、胃腸功能較弱的人群：西瓜子仁是一種日常生活中常見的堅果類食物，含有較豐富的蛋白質、脂肪、礦物質、維生素、不飽和脂肪酸等營養成分，日常生活中，大多數人群均可以吃西瓜子仁，并不存在什么不宜吃的說法。但是由于西瓜子仁蛋白質含量相對較豐富，進食后相對不容易消化吸收，特別是本身胃腸功能較弱的人群，可能會誘發或加重胃痛、胃脹等不適癥狀，因此此類人群還需少吃西瓜子仁。
2、肥胖：西瓜子仁含有較豐富的脂肪、不飽和脂肪酸等成分，熱量相對較高，因此本身比較胖的人，或是有減肥需求的人群，還應少吃西瓜子仁，以免導致體重增加，影響減肥效果。
3、患有某些基礎疾病的人群：如患有高血脂、糖尿病等基礎疾病的人群，吃西瓜子仁后，可能會導致血脂、血糖升高，不利于疾病的控制。
日常生活中，適當吃一些西瓜子仁可以為機體提供較豐富的營養，而且還有一定潤腸通便的效果，但是飲食應注意營養均衡，避免單一過量攝入某種食物。