冷凍的西紅柿經過解凍后，會破壞番茄的細胞組織結構，導致水分流失變蔫，口感與新鮮西紅柿比也會比較差。所以冷凍的西紅柿解凍后如果沒有發生變質，通常對人體沒有危害，可以繼續食用，如果變質后繼續食用，可能會對人體有害。
一般并不推薦將西紅柿冷凍。因為西紅柿經過低溫冷凍后，由于冷凍、解凍和溫度波動引起的冰晶生長和重結晶，會導致西紅柿呈水泡狀，西紅柿出現軟爛、散裂現象。如果解凍后西紅柿已經變質，可能會產生有害物質，如表面有黑斑，且煮不爛、無鮮味，可能導致維生素、番茄紅素等營養素流失、品質下降，嚴重的還會腐爛，繼續食用會導致嘔吐、腹瀉等不良癥狀，應該及時丟棄處理。
西紅柿更適合新鮮的時候生吃或者炒熟，生吃可以較大程度地保留維生素C，熟食則有利于β胡蘿卜素和番茄紅素的吸收。