吳茱萸的炮制包括生吳茱萸、制吳茱萸、鹽吳茱萸，功效存在差異，建議患者在醫生指導下合理應用，期間一旦出現不適，需要積極配合醫生調整治療方案。
1、生吳茱萸：吳茱萸洗凈并干燥后就可獲得生吳茱萸，本品有毒，通常需要外用，具有散寒、止痛等功效，可以用于緩解濕疹瘙癢、牙痛等，可以遵醫囑單獨使用或與海螵蛸、硫磺等配伍應用。
2、制吳茱萸：甘草煎湯去渣并放入吳茱萸，浸泡至裂開或煮沸，然后再炒至微干，經曬干后即可得到制吳茱萸。本品毒性、燥性降低，具有散寒、止痛的功效，可用于治療胃寒所致嘔吐、肝氣郁結所致脅痛等，可遵循醫生建議與生姜、大棗、黃連等配伍。
3、鹽吳茱萸：吳茱萸用鹽水拌勻后炒至裂開，或是煮沸后炒至微干再曬干，即為鹽吳茱萸，具有溫暖經絡、散寒的功效，可在醫生指導下與山楂、橘核、荔枝核等配伍，以改善寒氣侵入闕陰所致的疼痛。
此外，由于吳茱萸藥性辛熱燥烈，容易損傷體內氣機，促使火邪亢盛，不建議多服、久服。而本身存在陰液虧虛、熱邪亢盛等情況者，應禁忌使用吳茱萸。