通常臨床上沒有可以針對性預防皰疹性咽峽炎的疫苗，如果患者對腸道病毒71型較敏感則可以通過注射手足口病疫苗預防皰疹性咽峽炎。具體如下：
皰疹性咽峽炎主要是患者接觸到了由柯薩奇A型病毒或者是腸道病毒71型污染的手或者食品后通過口腔引起咽峽黏膜上皮細胞發生炎癥反應。而手足口病疫苗只針對腸道病毒71型，這種病毒除了引起手足口病之外，也能引起皰疹性咽炎，所以注射手足口病疫苗能夠預防被腸道病毒71型感染的皰疹性咽峽炎患者。而對柯薩奇A型病毒引起的皰疹性咽峽炎則沒有預防的作用的。并不能因為注射手足口病疫苗，就認為不會皰疹性咽峽炎。
對于患有皰疹性咽峽炎的患者，需要注意做好隔離，避免交叉感染。如果患者進食困難及高熱不退應適當補液，以防止電解質紊亂；出現發熱時還需要給予物理降溫，如退熱貼、溫水浴、酒精擦浴等，必要時可以使用在專業醫師指導下使用鼻噴劑，如糠酸莫米松鼻噴霧劑、丙酸氟替卡松鼻噴霧劑等改善局部不適癥狀。