通常情況下，小兒皰疹性咽峽炎潛伏期為3-5天，小兒皰疹性咽峽炎是由腸道病毒感染引發的，以急性發熱和咽峽部皰疹潰瘍為特征的急性上呼吸道感染性疾病，主要侵犯6歲以下小兒。建議家長及時帶小兒前往耳鼻喉科就診，完善血常規、病原學檢查等，遵醫囑積極處理。
若出現該疾病，病毒復制的初始部位在咽及回腸末端，病毒復制導致短暫、輕微的病毒血癥，使病毒經血傳播至全身的淋巴組織，隨后病毒在這些部位復制，最終產生嚴重的病毒血癥，同時出現癥狀，并導致病毒傳播至全身各個臟器，從而產生各種病變，引發癥狀，一般上述過程持續3-5天。
年長兒訴咽痛，嚴重者可影響吞咽，年幼兒因咽痛可出現流涎、哭鬧、拒食等癥狀。另外，還可導致咽部充血，散在灰白色皰疹周圍有紅暈，直徑2-4mm，數目多少不等，1-2天后破潰形成小潰瘍，此種黏膜疹多見于咽腭弓、軟腭、懸雍垂和扁桃體上。
小兒皰疹性咽峽炎屬于自限性的疾病，若小兒日常體質較好，一般可自愈。如果小兒臨床癥狀比較明顯，可以遵醫囑選擇抗病毒的藥物，如抗病毒口服液、雙黃連口服液等進行治療。
若小兒體溫在38.5℃以上，可以在醫生的指導下使用藥物進行退熱治療，如布洛芬混懸液、對乙酰氨基酚片等。平時一定要注意口腔衛生，可以用淡鹽水漱口，有助于炎癥的治療。