只要遵醫囑進行抗結核治療，耐藥性肺結核大多數都可以治好。個別泛耐藥性肺結核，治療難度較大，可能治療時間較長，但只要堅持治療，也可以治好。
肺結核耐藥可分為單耐藥、多耐藥兩種情況。如果只對一種藥物產生耐藥性，如對異煙肼或者鏈霉素耐藥，可以換用其他藥物進行治療，治療效果也較好，可以治好。如果結核桿菌同時對異煙肼、利福平等產生耐藥性，是多耐藥的情況，患者病情常反復，而且傳染性增強。此時可在醫生的建議下，使用利奈唑胺、貝達喹啉等對耐多藥肺結核敏感的藥物，一般都可以治好。另外，如果患者合并有高血壓、糖尿病或其他全身性疾病，抵抗力較差、免疫力較低時，可能治療時間較長，但也能治好。
在耐藥性肺結核治療過程中，患者要多吃新鮮蔬菜、水果，多吃瘦肉、雞蛋、乳制品等富含蛋白質的食物，有助于耐藥性肺結核的恢復。