小便后，腰部兩側酸痛可能與腎盂腎炎、泌尿系結石、尿路感染等疾病有關，具體分析如下：
1.腎盂腎炎：腎盂腎炎是由致病微生物引起的實質性炎癥，可能會使患者出現發熱、寒戰、食欲不振、腰部酸痛、尿頻、尿急、尿痛等癥狀，所以患者小便后，腰部兩側酸痛可能是患有腎盂腎炎，患者可以口服頭孢克洛緩釋片、氨芐西林膠囊、頭孢呋辛酯片等抗生素藥物進行治療。
2.泌尿系結石：泌尿系結石常見于輸尿管、膀胱等部位，患者小便后，腰部兩側酸痛可能是患有泌尿系統結石，嚴重時可能還會出現腹脹、惡心、嘔吐、血尿等癥狀。患者可以口服金錢草沖劑、排石顆粒等藥物進行治療。
3.尿路感染：尿路感染又稱泌尿系統感染，是尿道黏膜組織受到病原菌侵犯而引起的一種炎癥反應，可能會使患者出現尿頻、尿急、尿痛、雙側腰痛、血尿等癥狀，所以患者小便后，腰部兩側酸痛可能是尿路感染導致的，可以服用氧氟沙星片、諾氟沙星片、阿莫西林膠囊以及頭孢克肟片等抗感染藥物進行治療。