冬瓜排骨湯有一定的利尿、清熱等作用，通常情況下正常人群喝冬瓜排骨湯并沒有什么禁忌，一些特殊人群，比如過敏、胃腸道疾病、高尿酸血癥及痛風等人群建議不喝或不要大量喝冬瓜排骨湯。此外還應注意攝入量以及食材的新鮮程度。
1、不適宜的人群：對冬瓜或者排骨過敏的人群應避免喝冬瓜排骨湯，以免造成皮炎、丘疹等過敏現象。由于冬瓜中含有較豐富的纖維素，對于患有胃腸道疾病的人群，大量飲用可能會加重腹痛、腹瀉等癥狀。排骨中含有較多的嘌呤，在燉煮的過程中會釋放入湯內，高尿酸血癥及痛風人群應盡量避免喝冬瓜排骨湯，以免加重病情；
2、控制攝入量：雖然冬瓜排骨湯有較多的營養價值，但是由于含有的蛋白質、脂肪等物質較豐富，單次喝較多可能會加重胃腸道負擔，應控制攝入量；
3、食材應新鮮：冬瓜屬于新鮮蔬菜，儲存時間較短，應及時食用，避免食用存放時間較長的冬瓜、排骨。如果喝不完，應及時放于冰箱中，但也不可存放過久。
此外，中醫上還認為冬瓜是寒性食物，體質寒涼如宮寒、胃寒的人群，不宜經常大量喝冬瓜排骨湯。日常做冬瓜排骨湯時，應將食材全部煮熟后食用，避免攝入生肉引起不適癥狀。