肝素通常適用于腦栓塞，但是需要遵醫囑用藥治療。
腦栓塞是指血液中的各種栓子隨血流進入腦動脈而阻塞血管，當側支循環不能代償時，引起該動脈供血區腦組織缺血性壞死，出現局灶性神經功能缺損，患者可有口角歪斜、不能言語、昏迷等表現。
肝素用于防治血栓形成或栓塞性疾病，具有帶強負電荷的理化特性，能干擾血凝過程的許多環節，在體內外都有抗凝血作用，患者在臨床的治療過程中能夠增強抗凝血酶Ⅲ的活性數倍，抑制凝血酶原激酶的形成，干擾凝血酶的作用，防止血小板的聚集和破壞。可以通過緩解血栓，加速皮膚局部的血液循環，緩解癥狀。
使用肝素時，通常會明顯降低血液中凝血酶的活性、抑制血小板的黏附性，易出現自發性出血，包括黏膜出血、傷口出現等，對于出血性疾病患者，使用肝素可能會導致出血傾向增加。患者需要保持良好的作息習慣，避免持續性熬夜的出現，如果用藥過程中出現異常，需要及時停藥，進行有效治療，定期入院進行復查，了解機體的恢復情況。