草烏甲素片長期服用的副作用主要見于胃腸道負擔、肝臟和腎臟損傷，還有可能會引起心臟負擔等。因為每個人的體質不同，所以長期用藥的影響程度會有一定偏差，不可一概而論。
1、胃腸道負擔：如果長期服用草烏甲素片，可能會導致藥物成分刺激胃腸道黏膜，加重胃腸道負擔，進而可能會出現腹脹、惡心、嘔吐等胃腸道不適癥狀；
2、肝臟和腎臟損傷：大部分藥物是在肝臟進行代謝，由腎臟排出體外，若長期服用草烏甲素片，可能會導致體內藥物殘留增加，會加重肝臟和腎臟負擔，容易引起肝臟和腎臟細胞損害，進而導致肝臟和腎臟功能下降；
3、心臟負擔：在規范服用草烏甲素片以后會抑制中樞神經，可以起到鎮痛和抗炎作用，但如果長期服用草烏甲素片，可能會導致中樞神經功能紊亂，引起刺激性心悸和心慌等癥狀，進而加重心臟負擔。
在臨床上通常需要在專業醫師指導下服用草烏甲素片，而且用藥期間需要定期復查，明確自身恢復情況，如果長時間沒有得到有效改善，則需要及時更換治療方法。另外，在用藥以后如果有過敏反應，則需要停止用藥。